Koniec XVI w. przyniósł Rzeczpospolitej wojny, konflikty wewnętrzne, stopniowe osłabianie władzy centralnej oraz pogłębianie się anarchii.

Sytuację pogarszał fakt wprowadzenia zwyczaju monarchii elekcyjnej. Wielokrotnie powoływano na tron polski cudzoziemców, co w ówczesnej Europie nie było wyjątkiem. Holenderski książę Wilhelm Orański został w r. 1689 królem Anglii, a Hiszpanią długo rządzili austriaccy Habsburgowie. Problemem dla Polski było to, że zagraniczni książęta i monarchowie troszczyli się często o interesy swoich rodzinnych krajów, wciągając Rzeczpospolitą w niepotrzebne wojny i konflikty.

Po krótkotrwałym panowaniu Henryka Walezego, kolejnym monarchą elekcyjnym został węgierski książę Siedmiogrodu, Stefan Batory – jeden z najwybitniejszych polskich władców. W ciągu dziesięciu lat swego panowania osiągnął wiele zarówno w dziedzinie polityki zagranicznej jak i wewnętrznej. Na początku swych rządów doprowadził do powiększenia terytorium Rzeczpospolitej na Wschodzie. Główny konflikt w tym rejonie rozgrywał się o Inflanty (ziemie dzisiejszej Łotwy i Estonii) do których rościły pretensje Rosja, Szwecja oraz Dania. W wyniku trzech wypraw, Batory zmusił wojska cara Iwana Groźnego do wycofania się. Na mocy podpisanego rozejmu Polska uzyskała większość Inflant oraz rosyjskie miasto Połock. W granicach kraju znajdował się wówczas również Smoleńsk.

Stefan Batory wprowadził korzystne reformy wewnętrzne, przede wszystkim unowocześnienie polskiej armii. Utworzenie słynnej piechoty wybranieckiej było największym dziełem w tym zakresie. Król przekształcił również wileńskie kolegium jezuickie w Akademię, inaugurując tym samym drugi, po Krakowie, uniwersytet w Rzeczpospolitej. Pierwszym rektorem uczelni został sławny kaznodzieja, ks. Piotr Skarga.

Elekcja, która odbyła się po śmierci Batorego, naznaczona była ostrą walką między stronnictwami szlacheckimi. Wielu magnatów i część hierarchii katolickiej popierała Habsburga, arcyksięcia Maksymiliana. Większość szlachty opowiedziała się za szwedzkim księciem Zygmuntem Wazą, synem Katarzyny Jagiellonki. Po burzliwych obradach nowym monarchą został wybrany Szwed, rozpoczynając panowanie jako Zygmunt III (1587-1632). Był to z wielu względów wybór niefortunny. Ojciec Zygmunta, Jan III był krótko królem Szwecji i właśnie z tego powodu polski monarcha zgłaszał pretensje do korony swego ojczystego kraju. Tak samo postępowali jego dwaj synowie, następcy na tronie Rzeczpospolitej: Władysław IV (1632-1648) oraz Jan Kazimierz (1648 -1668). To, oraz konflikt o Inflanty, spowodowało kilkudziesięcioletni okres wojen z północnym sąsiadem. Pierwszy okres działań był dla Polski ogólnie pomyślny. W r. 1605 husaria litewska rozbiła w puch pięciokrotnie większe wojska szwedzkie pod Kirholmem. Nieźle spisała się młoda, polska flota odpierając ataki szwedzkich okrętów w bitwie pod Oliwą w r. 1627. Rozejm, podpisany kilka lat później, ustanowił niestety panowanie Szwecji w większości Inflant.

Najbardziej dramatyczna i wyniszczająca była wojna w latach 1655-1660, zwana często w literaturze „potopem”. Wskutek zdrady wojewody poznańskiego Krzysztofa Opalińskiego oraz hetmana litewskiego Janusza Radziwiłła, Szwedzi pod dowództwem króla Karola X zajęli większość ziem polskich z Warszawą i Krakowem. Po kilku miesiącach okupacji nastąpiło moralne odrodzenie Polaków. Punktem zwrotnym była skuteczna obrona klasztoru jasnogórskiego w Częstochowie. Wydarzenie to miało niezwykłe znaczenie duchowe, co spowodowało de facto powstanie narodowe przeciwko najeźdźcom. Przy pomocy armii, która wróciła do swych obowiązków, siły szwedzkie zostały wygnane z Rzeczpospolitej.

W 1660 r. doszło do podpisanie traktatu pokojowego, jednakże straty ludzkie i materialne powstałe w wyniku konfliktu były ogromne.

Jak gdyby mało było wojen ze Szwecją, Rzeczpospolita wdała się w konflikty zbrojne z innymi mocarstwami. Wojny z państwem moskiewskim trwały z przerwami prawie tak długo jak szwedzkie. Na początku XVII w. Polacy wmieszali się w sprawę sukcesji na tronie rosyjskim wykorzystując okres kryzysu w państwie carów zwany „smutą”. Trudno jednak powiedzieć, że interwencja ta była dziełem rządu królewskiego. Norman Davis pisze w swej monografii o historii Polski „Boże igrzysko”: „Myśl, że Rzeczpospolita… ze swymi skromnymi siłami wojskowymi i rozlatującym się skarbem, mogła kiedykolwiek rozważać możliwość „okupowania” czy też „ujarzmienia” niezmierzonych obszarów Rosji, jest niedorzeczna.” Wyprawy na Moskwę organizowali głównie polscy magnaci, których można w istocie nazwać awanturnikami. Podejmowano trzykrotne próby osadzenia na tronie carskim Dymitra Samozwańca, który podawał się za cudownie ocalonego syna Iwana Groźnego. Zygmunt III Waza zaakceptował tylko jedną ofensywę. Polska wyprawa ruszyła jesienią 1609 r. by po kilku miesiącach dotrzeć do Moskwy. Zebrani w stolicy bojarzy ofiarowali koronę carską synowi Zygmunta, księciu Władysławowi.
Trudno powiedzieć, czy unia personalna, a tym bardziej realna, między Polską a Rosją miała jakiekolwiek szanse. Gdyby jednak do niej doszło oznaczałoby to stworzenie supermocarstwa nie mającego sobie równego w historii nowożytnej. Bojarzy postawili jednak warunek aby Władysław przeszedł na prawosławie, na co król Zygmunt, jako żarliwy katolik, stanowczo się nie zgodził. Po dwuletniej okupacji Kremla, polska załoga skapitulowała jesienią 1612 r. Obecnie Rosjanie obchodzą rocznicę tego wydarzenia jako Dzień Jedności Narodowej.
Wojny z Rosją trwały z przerwami aż do roku 1667, kiedy podpisano traktat pokojowy. Polska zachowała swe terytoria na Wschodzie ale musiała oddać Ukrainę zaddnieprzańską wraz z Kijowem.

Oddzielnym problemem była sprawa ludności kozackiej na Ukrainie. Większość kozaków wywodziła się z klasy chłopów pańszczyźnianych zbiegłych na wschodnie kresy Rzeczpospolitej w poszukiwaniu swobody i lepszego życia. Z czasem zorganizowali oni społeczność typu wojskowego. Wśród dowódców kozackich były osoby pochodzenia szlacheckiego. Wojska kozackie stanowiły przez pewien czas część sił zbrojnych Rzeczpospolitej. Byli to tak zwani kozacy rejestrowi, pozostający na żołdzie państwa polsko-litewskiego. Sprawy konfliktowe na Ukrainie dotyczyły różnic narodowościowych i religijnych – Kozacy byli Rusinami wyznającymi prawosławie. Kością niezgody była również potęga rodów magnackich: Wiśniowieckich, Kalinowskich, Ostrogskich. Ich posiadłości były praktycznie niezależnymi księstwami chronionymi przez prywatne armie.

Kilkakrotnie kozacy wzniecali powstania przeciwko polskim rządom. Największe pod dowództwem Bohdana Chmielnickiego rozpoczęło się w 1648 r.. Rzeczpospolita nie była w stanie powstrzymać rozszerzającego się buntu. Wojska kozackie doszły aż do Lublina i Lwowa. Dopiero wspaniałe zwycięstwo Polaków pod Beresteczkiem ugasiło pożar na wschodnich kresach kraju. W 1654 r. Chmielnicki oddał się pod protektorat cara rosyjskiego. Właśnie wtedy większość Ukrainy dostała się pod panowanie Moskwy.

Na początku XVII w. doszło również do pierwszych starć z wojskami imperium tureckiego, które zagrażało Polsce od południowego wschodu. Hetman Chodkiewicz zdołał powstrzymać inwazję Turków w bitwie pod Chocimiem w r. 1621. W ciągu następnych dziesięcioleci dochodziło do kolejnych ataków. Zwycięstwo króla Jana III Sobieskiego w bitwie pod Wiedniem w r. 1683 położyło kres ekspansji tureckiej na ziemie Polski i Europy środkowej. Odsiecz wiedeńska była też ostatnim, wielkim sukcesem militarnym chylącej się do upadku Rzeczpospolitej.

Kazimierz Wierzbicki